Το Κε.Δ.Α.Κ., από την ίδρυσή του μέχρι σήμερα, στεγάζεται στο διατηρητέο κτήριο του Διοικητηρίου – έδρα του πρώην Υπουργείου Μακεδονίας – Θράκης – επί της οδού Αγίου Δημητρίου, στη Θεσσαλονίκη. Τα γραφεία του βρίσκονται στον τρίτο όροφο του κτηρίου, ενώ οι συνεδριάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου λαμβάνουν χώρα στην αίθουσα συσκέψεων, στον δεύτερο όροφο.
Κτηριακές Εγκαταστάσεις
Στο Κε.Δ.Α.Κ. παραχωρήθηκε με δωρεά το διατηρητέο κτήριο επί των οδών Πραξιτέλους 7 και Ζαΐμη, πίσω από το παλιό Αρχαιολογικό Μουσείο (Γενί Τζαμί), στην περιοχή «Φάληρο» της Θεσσαλονίκης. Στο κτίριο, το υπόγειο του οποίου έχει παραχωρηθεί στο Λαογραφικό Μουσείο Μακεδονίας – Θράκης, στεγάζεται τμήμα του αρχείου και της υλικοτεχνικής υποδομής του Κε.Δ.Α.Κ..
Οι υπάλληλοι του Κε.Δ.Α.Κ., κατά τις μεταβάσεις τους στο Άγιον Όρος, συχνά καταλύουν στο «Κονάκι» του Κε.Δ.Α.Κ.. Αυτό στεγάζεται σε κτήριο ιδιοκτησίας της Ιεράς Μονής Ξηροποτάμου, στη Δάφνη του Αγίου Όρους και αναστηλώθηκε και συντηρείται με δαπάνες του Κε.Δ.Α.Κ. για τον παραπάνω σκοπό.
