Η ιερά Μονή Φιλοθέου είναι κτισμένη σε υψόμετρο 316 μέτρων, σε οροπέδιο πάνω στη βορειοανατολική πλευρά της αγιορειτικής χερσονήσου. Οφείλει το όνομά της στον ησυχαστή όσιο Φιλόθεο, μαθητή του Αγίου Αθανασίου, επί των ημερών του οποίου υπήρχε η μικρή Μονή της Φτέρης στην περιοχή «Κράββατος», όπου σήμερα υπάρχει Παρεκκλήσι του Προφήτη Ηλία. Ιστορικά φαίνεται να προϋπάρχει του 1015. Στο Τυπικό Κωνσταντίνου του Μονομάχου, του 1045, αναγράφεται ως «Μονή της Θεοτόκου» ή «Φιλοθέου». Το 1394 κατέχει την δέκατη τρίτη θέση, ενώ από το 1574 τη δωδέκατη. Με τις δωρεές του Αυτοκράτορα Νικηφόρου Βοτανιάτη στο τέλος του 11ου αιώνα παίρνει ολοκληρωμένη μορφή Μάνδρας.
Το 1284, με Χρυσόβουλο του Αυτοκράτορα Ανδρόνικου Παλαιολόγου, ορίζεται πνευματικός του Παλατιού ο Ηγούμενος της Μονής Μακάριος, με αίτημα του οποίου ενισχύεται οικονομικά η Μονή. Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης, περί το 1480, η ιερά Μονή Φιλοθέου διέρχεται περίοδο ερήμωσης. Στη συνέχεια κατοικείται από Σλάβους μοναχούς οι οποίοι τη μετατρέπουν σε ιδιόρρυθμη και απομακρύνονται από την Ηγουμενεία της οι Διονύσιος εν Ολύμπω και Συμεών ο Ανυπόδητος.
Στα τέλη του 15ου αιώνα οι Ίβηρες Ηγεμόνες την ευεργετούν και διευρύνουν την Τράπεζα στις σημερινές της διαστάσεις. Τον Ιούνιο του 1533 η Μονή πώλησε λόγω οικονομικών της προβλημάτων το Κελί του Σταυρονικήτα που μετατράπηκε μεταγενέστερα σε Μονή. Το 1734 ο Ηγεμόνας της Βλαχίας Γκίκας όρισε με Χρυσόβουλο ετήσια χορηγία υπέρ της Μονής την οποία ο βοεβόδας Μαυροκορδάτος συνέχισε. Με τις ενισχύσεις αυτές ανακαινίζεται η Μονή και ανεγείρεται το σημερινό Καθολικό. Το 1871 μια μεγάλη πυρκαγιά καταστρέφει τις Πτέρυγες της Μονής, κινδυνεύει το Καθολικό και διασώζονται τα χειρόγραφα. Η ανακαίνισή της κράτησε περισσότερο από 20 χρόνια εξαντλώντας την οικονομικά με αποτέλεσμα να προσφύγει στην αρωγή της Ιεράς Κοινότητος, η οποία ανταποκρίθηκε με απόφαση της το 1900.
Το σχήμα του μοναστηριακού συγκροτήματος είναι περίπου ένα ακανόνιστο πεντάπλευρο. Μορφολογικά διακρίνεται το μεγάλο Κωδωνοστάσιο με την κωνική του στέγη επί της εισόδου του Καθολικού. Τα κτίρια που συνθέτουν τις Πτέρυγες της Μονής προέρχονται από τρείς χρονικές περιόδους. Αρχές 16ου, μέσα 18ου και τέλος 19ου αιώνα. Η ιερά Μονή Φιλοθέου κατέχει από το 1574 τη δωδέκατη θέση στην ιεραρχία των ιερών Μονών του Αγίου όρους. Λειτουργεί κοινοβιακά από το 1973, με Σιγίλλιο του Οικουμενικού Πατριάρχη Δημητρίου. Στη Μονή εγκαταβιώνουν εβδομήντα μοναχοί ενώ άλλοι δέκα στα Εξαρτήματά της. Ηγούμενος είναι ο Αρχιμανδρίτης Νικόδημος.
.